Il-prinċipju bażiku tas-sintesi tad-DNA

Is-sinteżi tad-DNA kimika hija bbażata fuq l-istrateġija ta 'sinteżi ta' fażi solida u l-kimika tal-fosforamidite.Differenti mis-sinteżi tad-DNA bijoloġika, il-materjal fis-sinteżi tad-DNA kimika hija DMT (4, 4-dimethoxytrityl) u deoxyriboxyside modifikat phosphoramidite, kif muri fil-Figura 1. Is-sinteżi tad-DNA titwettaq fuq l-appoġġ solidu (nistgħu noffru diversi ta 'Kolonna tas-Sinteżi Oligo), jiġifieri CPG (ħġieġ tal-pori kkontrollat) u PS (polistirene), u s-sintesi kollha titwettaq fuqSintetizzatur tad-DNA/RNA, li huwa t-tagħmir ewlieni tagħna, għandu mudell differenti bħal: HY Single Channel Synthesizer, HY-12, HY-192 u eċċ, id-direzzjoni tas-sinteżi hija minn 3 'sa 5', u nukleotide huwa introdott għall-appoġġ solidu permezz ta 'wieħed ċiklu ta' sinteżi.Ċiklu ta 'sintesi tipikament fih erba' passi, Deprotezzjoni, Akkoppjar, Limitu u Ossidazzjoni (Figura 2).Id-Deprotection hija ssettjata biex tneħħi l-grupp DMT fuq l-appoġġ solidu jew il-grupp 5' hydroxyl fuq in-nukleoside preċedenti, l-aċidu trichloroacetic 3% fid-dichloromethane jintuża bħala r-reaġent ta 'deprotection.Imbagħad id-deoxyriboxyside modifikat phosphoramidite tħalla jesponi grupp hydroxyl bl-assistenza ta 'attivatur, jiġifieri 5-ethylthiotetrazole jew 4, 5-dicyanoimidazole, li jiffurmaw il-phosphitetriester (III), u realizzati l-pass ta' l-Igganċjar.Pass ta' Capping jitwettaq biex jimblokka l-grupp hydroxyl li ma rreaġixxiex waqt il-pass ta' l-akkoppjar, biex tiġi minimizzata l-formazzjoni ta' sekwenzi ta' difetti mhux mixtieqa.Fl-aħħarnett, il-phosphitetriester instabbli (III) huwa ossidizzat għal fosfortriester kimiku stabbli (V) bil-jodju bħala ossidant fil-preżent tal-piridina.

Id-DNA sintetizzat jista 'jkun qsim mill-appoġġ solidu permezz ta' aminolisi, il-grupp protett 2-cyanoethyl fuq il-fosfortriester u l-amide fuq in-nukleobase jinqasam fl-istess ħin, il-Pjanċi ta 'Sinteżi u l-Kolonni ta' Sinteżi fl-ixkafef jitqiegħdu direttament fil-kamra tar-reazzjoni taTagħmir ta' Deprotezzjoni.Id-DNA mhux raffinat jista 'jiġi ppreparat minn HPLC, elettroforesi u OPC fuq talba, nistgħu wkoll nipprovdulek il-Tagħmir ta' Purifikazzjonigħal Post-ipproċessar.